Les villages autour de l’ancien château des Zähringer se groupèrent et acquirent le statut de ville en 1120. La ville de Fribourg connut dès lors une forte croissance. En 1200, on entreprit la construction de la grande cathédrale. Les citoyens se querellèrent beaucoup avec les successeurs des Zähringer, les ducs d’Urach, et achetèrent la ville pour se mettre sous la tutelle des Habsbourg.

En 1457 fut fondée l’université de Fribourg, l’une des plus anciennes du Saint Empire romain-germanique. Ce fut d’ailleurs la première université allemande où fut inscrite une femme en 1899. La ville fut souvent occupée par des forces étrangères, dont cinq fois par les Français. Sur les ordres de Louis XIV, Vauban en fit d’ailleurs un lieu bien protégé. En 1805, Fribourg fit partie du nouveau grand-duché de Bade et en 1821, elle devint un évêché.